ФИЛАДЕЛЬФИЯ — У жителя юго-востока Пенсильвании были обнаружены доказательства заражения высокотрансмиссивным вариантом B.1.1.7 коронавируса COVID-19, впервые выявленным в Соединенном Королевстве.
Пасха Хокама
Паша Хокама, научный сотрудник отдела микробиологии, выполняет генетическое секвенирование SARS-CoV-2 в лаборатории Бушмана. Здесь она изображена перед MiSeq, геномным секвенатором, с чипом, используемым для секвенирования.
После расследования, проведенного Департаментом общественного здравоохранения Филадельфии и Департаментом здравоохранения округа Бакс, образец был отправлен в лабораторию Фредерика Бушмана, доктора философии , заведующего кафедрой микробиологии Медицинской школы Перельмана при Университете Пенсильвании, для генетического секвенирования. Департамент здравоохранения объявил, что этот вариант был обнаружен у женщины в возрасте 50 лет, у которой появились симптомы заболевания в последнюю неделю декабря, и она была ненадолго госпитализирована. Сейчас она выздоравливает. Она жительница Филадельфии и округа Бакс. Это второй случай COVID-19 варианта B.1.1.7 в Пенсильвании.
Комиссар по здравоохранению Филадельфии доктор Томас Фарли сказал: «Хотя до сих пор не доказано, что вариант B.1.1.7 более передаточен, чем другие варианты коронавируса COVID-19, мы обеспокоены тем, что он присутствует в Филадельфии. Все в этом районе должны воспринимать эту информацию как напоминание, чтобы еще более последовательно носить маски и держаться на расстоянии от других ».
Директор департамента здравоохранения округа Бакс доктор Дэвид Дамскер сказал, что для вируса нет ничего необычного в изменении и мутации. «Мы не слишком обеспокоены этим развитием, потому что все имеющиеся данные показывают, что существующие вакцины эффективны против этого варианта», — сказал Дамскер. «Пока это так, мы будем рассматривать этот вариант так же, как и другие наши дела».
команда бушменов
Члены лаборатории Бушмана во главе с Фредериком Бушманом, доктором философии, заведующим кафедрой микробиологии, работают с Департаментом здравоохранения Филадельфии над секвенированием образцов от пациентов с COVID-19, чтобы выявить варианты SARS-CoV-2 в обществе.
Исследовательская группа Бушмана начала работать с Министерством здравоохранения Филадельфии в начале пандемии прошлой весной. Когда они начали секвенировать полные геномы SARS-CoV-2 у госпитализированных пациентов в Penn Medicine, чтобы понять вирус и его распространение в обществе, они поддерживали связь с отделом.
«Сотрудничество между нашими исследователями и представителями общественного здравоохранения сейчас как никогда важно, чтобы мы могли использовать науку для принятия решений для защиты наших сообществ и как можно быстрее двигаться к решению новых проблем, подобных этой», — сказал Бушман. «Я не думаю, что удивительно, что этот вариант был обнаружен здесь, поскольку он уже был обнаружен в других местах в Пенсильвании и во многих местах по всей территории США. Все эти обнаружения подтверждают идею о том, что вирус более заразен, и подтверждают, что нам необходимо примите меры предосторожности, которые мы знаем о работе — носите маски, избегайте общения, не ходите в людные места и делайте вакцину от COVID-19, когда она вам доступна ».
Бушман отметил, что секвенирование всего вирусного генома — технологически сложная задача, от сложных процессов, таких как очистка РНК до ДНК, до необходимости в сложном оборудовании, которое может выполнять секвенирование следующего поколения. Его лаборатория решила, что на ранней стадии пандемии они хотели бы создать это и помочь, предоставив такие данные.
Когда британский штамм начал идентифицироваться в Соединенных Штатах, Департамент здравоохранения Филадельфии определил высокоприоритетный образец — пациента с COVID-19 округа Бакс, связанного с Великобританией. секвенировать вирусный геном из образца, чтобы определить, был ли это штамм UK. Команда Бушмана обнаружила, что последовательность содержит 22/23 диагностических замен, характерных для британского штамма, включая все замены в протеине Spike, которые, как предполагается, делают вариант более заразным.
Команда также поделилась результатами исследования последовательностей вирусного генома и анализа первой волны. Позже возник вопрос, находится ли штамм из Великобритании, который считается более заразным, в нашей местности. Сотрудники DOH определили высокоприоритетную выборку — человека, который стал положительным после контакта с кем-то, кто стал положительным после недавней поездки в Англию. Мы предложили секвенировать вирусный геном из образца, чтобы определить, был ли это штамм UK. Последовательность содержала 22/23 диагностических замен, характерных для штамма UK, включая все замены в белке Spike, которые предположительно делают вариант более заразным.
Лаборатория Бушмана продолжит секвенирование новых образцов от пациентов с COVID-19 в Penn Medicine, департаменте здравоохранения и других группах и будет искать новые варианты и мутации.
Загрузка...
