Рак — это чрезвычайно сложное заболевание, отчасти потому, что оно может быть вызвано мутациями сотен или даже тысяч генов. Кроме того, большинство видов рака демонстрируют невероятное количество вариаций среди генетических мутаций, даже между пациентами с одними и теми же типами рака.
Следовательно, исследователи рака решили изучить взаимодействие между группами генов в определенных биологических путях, которые нарушены.
Когда гены в определенных путях часто мутируются или нарушаются, этот путь может играть решающую роль в инициировании или развитии рака. Но раскрыть молекулярные механизмы, лежащие в основе этих нарушений, чрезвычайно сложно.
Теперь исследователи из Университета Буффало разработали новый, более мощный в статистическом отношении метод под названием FDRnet, который может более эффективно обнаруживать ключевые функциональные пути рака, используя данные геномики, полученные с помощью технологии секвенирования следующего поколения.
Опубликованный в журнале Nature Computational Science 14 января, новый метод может дать биологам более точные данные, с помощью которых можно будет сосредоточиться на терапевтических целях.
«Используя новый метод, мы можем найти биологические пути, в которых гены значительно мутированы или нарушены», — объяснил Иджун Сун, доктор философии, доцент кафедры биоинформатики факультета микробиологии и иммунологии Школы медицины и биомедицинских наук Джейкобса. у UB и соответствующего автора. «Он решает некоторые ключевые проблемы анализа молекулярных путей в исследованиях рака. Как только биологи-опухолевые биологи получат эту информацию, они смогут использовать ее для проверки наших результатов и разработки новых методов лечения рака», — сказал он.
«Преодолевая ограничения существующих подходов, FDRnet может облегчить обнаружение ключевых функциональных путей при раке и других генетических заболеваниях», — сказал Сан.
Когда Сан и его соавторы протестировали FDRnet на данных моделирования, а также на данных о раке груди и B-клеточной лимфоме, они обнаружили, что FDRnet был в состоянии обнаружить, какие подсети или пути значительно нарушены при этих раковых заболеваниях, что потенциально подтолкнуло биологов-опухолевиков к выявлению новых терапевтических цели.
Загрузка...
